Marián Krajčovič byl záložníkem. Povinnou dvouletou vojenskou službu strávil v Dukle Bánská Bystrica. V československé lize hrál v letech 1973 – 1976 za Spartak Trnava. Nastoupil ve 31 ligových utkáních a dal dva ligové góly. Dva starty si připsal v tehdejším Poháru mistrů evropských zemí (PMEZ), který byl předchůdcem dnešní Ligy mistrů.

Za druholigový Třinec, který se v první polovině 80. let pokoušel vrátit mezi československou elitu, Marián Krajčovič nastupoval od soutěžního ročníku 1978 – 1979. Pod Javorovým odehrál sedm sezon s bilancí přes 155 utkání a 20 branek.

Po skončení vrcholové kariéry působil jako trenér regionálních celků v nižších soutěžích.